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    动植物基因组DENOVO测序

    技术简介:                                                                                                                                      

           De novo测序也叫从头测序,不需要任何基因序列信息即可对某个物种进行测序。用生物信息学的分析方法对测读序列进行拼接、组装,从而获得该物种的基因组序列图谱。随着新一代测序技术的飞速发展,大大降低了基因组测序的成本和时间,为研究新物种全基因组序列提供了一个崭新的研究平台。

     

            ag8亚游集团生物采用Illumina第二代高通量测序平台和PacBio第三代测序结合的方法,对未知物种的个体进行基因组测序,Illumina能产生海量的数据,可为动植物基因组组装提供高覆盖度的数据, PacBio第三代测序平台能产生非常长的读长,能跨越基因组中高重复、高杂合等复杂区域,从而能得到非常好的基因组组装结果。从基因组水平上对物种的生长、发育、进化、起源等重大问题进行研究,将加深我们对物种的认识,在发掘重要的功能基因、培育优良新品种,加速分子育种进程及相关物种的各种研究提供可靠的基础。

     

    技术路线:

     

     

    数据分析:

    1、  基因组组装

    2、  基因组注释

    ·         重复序列分析与注释;

    ·         基因预测;

    ·         基因功能注释;

    ·         ncRNA注释。

    3、  动植物比较基因组学与进化分析

    ·         基因家族分析;

    ·          物种系统发育树构建;

    ·          基因组共线性分析;

    ·          全基因组复制分析。

    4、  基因组数据库网站的建立

     

    参考文献:

           1、Kim S,et al.Genome sequence of the hot pepper provides insights into the evolution of pungency in Capsicum species. Nat Genet. 2014: 10.1038

           2、Wang X,et al.The locust genome provides insight into swarm formation and long-distance flight. Nat Commun.2014;5:2957.

           3、Venkatesh B,et al.Elephant shark genome provides unique insights into gnathostome evolution. Nature. 2014;505(7482)